Savez Kristovih pentekostnih crkava u Hrvatskoj nastaje u ranim devedesetim godinama tijekom teoloških previranja i traganja za identitetom pentekostnih crkava. Malobrojne konzervativne pentekostne zajednice su se u bojazni pred otvaranjem većine zajednica prema suvremenim duhovnim kretanjima sve više zatvarale unutar sebe, egzistirajući unutar Kristove pentekostne crkve u Jugoslaviji kao zasebna cjelina, koja se nastojala oduprijeti evanđeoskim, ekumenskim i karizmatskim teološkim strujanjima. Kada je 1989. Kristova pentekostna crkva promijenila ime u Evanđeoska crkva, nekoliko konzervativnih zajednica u Hrvatskoj zadržava staro ime i pentekostnu teološku misao i praksu, distancirajući se na taj način od općeprihvaćene evanđeoske teološke misli i prakse koju su uvelike prihvaćale pentekostne zajednice u Hrvatskoj. Te su zajednice utemeljile Savez Kristovih pentekostnih crkava u Hrvatskoj. Savez okuplja potkraj dvadesetog stoljeća pet crkava, među kojima se ističu crkva u Zagrebu i Varaždinu koja postaje potkraj devedesetih duhovna središnjica Saveza Kristovih pentekostnih crkava. Pod okriljem crkve organizirana je Biblijska škola za obučavanje duhovnih djelatnika i razvija se izdavačka djelatnost.