Crkva, ustroj, ustroj crkava reformacijske baštine u Hrvatskoj mješavina je kongregacionalnoga i prezbiterijanskog modela. Prema kongregacionalnom modelu ustroja crkve glava crkve je Krist (Kol 1,18 i dr.) a središnjica svećenstvo svih vjernika (1 Pt 2,9). Svaka mjesna crkva samostalna je i neovisna te nije podložna ni jednom vanjskom autoritetu. Pojedinci se na temelju obraćenja, krštenja i osobne vjere dobrovoljno pridružuju crkvi (Dj 2,41). Svi članovi crkve uživaju jednaka prava u crkvi, kao što i sve crkve imaju jednaka prava i prednosti u radu za Boga (Horak, 1989:53). Pastor ili propovjednik, starješine i đakoni ravnopravni su ostalim članovima. Cijela crkva donosi krajnja rješenja po pitanju vodstva i usmjeravanja zajednice. Mjesne se crkve mogu dobrovoljno udruživati u viša tijela, u okružja i saveze, pri čemu zadržavaju svoju autonomiju i autoritet. Po tom su načelu organizirane dvije najveće evanđeoske denominacije u Hrvatskoj – Evanđeoska crkva i Savez baptističkih crkava.
Prezbiterijanski model ustroja crkve podrazumijeva da autoritet vođenja crkve imaju prezbiteri ili starješine. Svaka mjesna crkva je samostalna i neovisna te samostalno bira svoje starješine i pastora. Prema praksi u Evanđeoskoj pentekostnoj crkvi, čiji je ustroj kombinacija kongregacionalnoga i prezbiterijanskog modela ustroja crkve, pastora bira skupština članova mjesne crkve na prijedlog starješinskog zbora, uz pozitivno mišljenje Prezbiterija Evanđeoske pentekostne crkve. Postavljenje u pastoralnu službu vrši se rukopolaganjem ili ordinacijom. Čin rukopolaganja vrše najmanje tri prezbitera Evanđeoske pentekostne crkve.
Samostalne crkve vrlo se često okupljaju u saveze kako bi lakše ostvarivale poslanje naviještanja evanđelja Isusa Krista te ostvarivale i štitile svoje interese. Tako Savez baptističkih crkava u Hrvatskoj okuplja mjesne baptističke crkve, humanitarne udruge i izdavače. Svaka je članica autonomna u svom djelovanju i dobrovoljno se udružuje u Savez. Slično je i u Evanđeoskoj pentekostnoj crkvi, koja okuplja pentekostne crkve, misijske postaje, ustanove i udruge.
Literatura: Statut Evanđeoske pentekostne crkve u Hrvatskoj, Statut Saveza baptističkih crkava u Hrvatskoj.
izradio