Crkva Božja, nastajanje Crkve Božje usko je povezano uz nastanak i širenje pentekostnog pokreta u Srijemu 1907. Pentekostni se pokret u početcima spontano širio među pripadnicima njemačke, mađarske i slovačke manjinske zajednice, a u dvadesetim i tridesetim godinama među Hrvatima, Slovencima i Srbima. Tijekom dvadesetih godina uspostavljene su Duhovne crkve u Šidskim Banovcima (1920), Laliću (1925) i Pivnicama (1925). U tridesetima su osnovane crkve u Hrvatskoj, i to u Antinu, Tordincima, Dalju, Vinkovcima, Oroliku, Njemcima, Ivancima, Šidu, Hrtkovcima, Jankovcima, Sremskim Čakovcima, Gabošu i Vukovaru. U početcima su neke crkve bile poznate kao Crkva Božja, primjerice zajednice u Laliću i Pivnicama, a od 1929. kad su počele provoditi pranje nogu svetima nakon Večere Gospodnje, postale su poznate kao Duhovna crkva nogopranih.
Poslije Drugoga svjetskog rata na području Jugoslavije djelovale su tri grane pentekostnoga pokreta: Kristova duhovna crkva, Kristova duhovna crkva malokrštenih i Kristova duhovna crkva nogopranih. Nakon labavog Saveza Kristovih crkava u FNRJ, od 1950. do 1964., u kojemu su kratkotrajno sudjelovale sve tri grane, svaka se denominacija dalje samostalno razvija.
Potkraj pedesetih dolazi u Kristovoj duhovnoj crkvi nogopranih do strukturalnih promjena i do organiziranja pokrajina. Zajednice slovačkoga govornog područja organizirale su 1960. pokrajinu Banat-Bačka, a preostale zajednice organizirale su se 1961. kao pokrajina Srijem-Slavonija. Kako je i dalje bilo problema i otvorenih pitanja između dviju pokrajina, skupina propovjednika iz srijemsko-slavonske pokrajine inicirala je promjenu naziva Kristove duhovne crkve nogopranih u Crkva Božja u SFRJ, kako su se zvale prve zajednice u Lalićima i Pivnicama. Sjedište Crkve Božje u SFRJ je u Vinkovcima. Odluka o promjeni naziva donesena je na saboru 3. ožujka 1968. Većina mjesnih crkava prihvatila je usvojene promjene, a tek nekoliko zajednica nastavlja s djelovanjem kao Kristova duhovna crkva nogopranih.
Nakon promjene naziva denominacije vodstvo uspostavlja partnerski odnos s Crkvom Božjom iz SAD-a (Church of God, Cleveland, Tennessee), i od nje preuzima vjerovanje, naučavanje, načela življenja, organizacije i djelovanja. Po primjeru Crkve Božje iz SAD-a organizirana je i Crkva Božja u SFRJ. Vodeće tijelo crkve je glavno starješinstvo, u kojemu su glavni starješina (nadglednik, superintendent), zamjenik glavnog starješine, tajnik i dva člana glavnog starješinstva. Crkva Božja u SFRJ bila je organizirana u pet okružja.
Osamostaljenjem Republike Hrvatske osamostaljuje se 1992. i Crkva Božja u Republici Hrvatskoj. Središnjica i dalje ostaje u Vinkovcima, a u denominaciji sudjeluju zajednice iz Vinkovaca, Komareva, Zagreba, Antina, Tordinaca, Dalja, Šidskih Banovaca i Oštre Luke.
Od 1966. Crkva Božja ima organizirani literarni rad u Vinkovcima. Te godine počinje izlaziti Poslanica mira (do 1968. kao tromjesečnik, a kasnije dvomjesečnik), službeni list Crkve Božje u Hrvatskoj. List je namijenjen vjernicima i donosi duhovne sadržaje za pouku i ohrabrenje. Godine 1973. glavno starješinstvo Crkve Božje u Jugoslaviji pokreće tromjesečni list Glas istine koji obrađuje biblijsku tematiku i donosi službene informacije o događanjima u denominaciji. List je namijenjen pastorima, propovjednicima i suradnicima u zajednicama. Početkom Domovinskog rata prestaju izlaziti sva tri lista. Potkraj devedesetih godina dvadesetoga stoljeća biskupski ured Crkve Božje u Republici Hrvatskoj izdaje nekoliko publikacija i propovijedi.
Crkva Božja je suosnivač Visokoga evanđeoskog teološkog učilišta u Osijeku te Protestantsko-evanđeoskog vijeća u Hrvatskoj i aktivno je uključena u njegovo djelovanje.