Kristova duhovna crkva malokrštenih nastaje potkraj 1936. u Vojvodini gdje je Franjo Rac propovijedao evanđelje među mađarskim stanovništvom. Između 1940. i 1950. utemeljeno je više od dvadeset zajednica u Vojvodini. Pedesetih godina osnovane su zajednice i u Hrvatskoj; u Zagrebu, Sisku, Kutini, Vinkovcima, Cerni, Pakracu i Daruvaru. Od 1950. do 1954. Kristova duhovna crkva malokrštenih sudjeluje u Savezu Kristovih duhovnih crkava u FNRJ. Nakon prekida saveza Kristova duhovna crkva malokrštenih nastavlja sa samostalnim djelovanjem, a sjedište joj je u Subotici.
Sve do osamostaljenja Hrvatske zajednice u Hrvatskoj djeluju u zajedništvu s vojvođanskim zajednicama. Nakon toga zajednice u Hrvatskoj djeluju samostalno, a radi koordinacije zajedničkih aktivnosti djeluje Sabor Kristove duhovne crkve malokrštenih.