Evanđeoski teološki fakultet u Osijeku započeo je svoju obrazovnu i znanstvenu djelatnost u Zagrebu 1972. godine pod nazivom Biblijsko-teološki institut. Nastava je bila organizirana po uzoru na američke biblijske škole kao trogodišnji studij, a uz domaće predavali su i mnogi strani predavači. Prva je promocija održana 13. rujna 1975. godine.
Institut 1974. prihvaća Laussanski zavjet kao svoje “temelje vjere”. Godine 1978. osnovano je desetak područnih nastavnih centara u zemlji i inozemstvu, a 1983. Institut seli u Osijek. Studij traje tri godine i ima dva usmjerenja: biblijsko-teološko i misijsko-evangelizacijsko. Vodeći partner Fakultetu od 1985. postaje Internacionalni savjet za unapređenje visokoga teološkog obrazovanja (The Overseas Council International).
Od 1987. do 1989. Fakultet se internacionalizira i prihvaća oko sedamdeset pet studenata iz Istočne Europe i zemalja Sovjetskog saveza te iz nekoliko afričkih zemalja. Naziv Biblijsko-teološki institut mijenja se u Evanđeoski teološki fakultet, a trogodišnji program mijenja se u četverogodišnji. Tijekom 90-ih fakultet utemeljuje sedam instituta: Institut za teološke studije, Institut za judaizam, Institut za kršćansku pedagogiju i kulturu, Povijesni institut, Misijski institut, Institut za život, mir i pravdu te Institut za kršćansko savjetovanje. Pod vodstvom doktora Emanuela Gitlina godine 1992. otvara se poslijediplomski studij. Godine 1998. preko Oxford Center for Mission Studies (OCMS) započinje suradnja s britanskim sveučilištem u Leedsu na zajedničkom poslijediplomskom znanstvenom studiju iz područja biblijskih znanosti, a s Teološkim fakultetom u Ljubljani potpisan je ugovor o suradnji koji studentima ETF-a omogućuje nastavak doktorskog studija. Povezivanje s inozemnim asocijacijama stalna je aktivnost Fakulteta, počevši od vrlo rane suradnje sa slijedećim fakultetima: Wheaton College, Regent University, Vanguard, Coallition of Christian Colleges and Universities. U posljednje je vrijeme naglašena suradnja s Council for Evangelical Theological Education in Post-Communist Europe (CEET) i Eastern European Postgraduate School of Theology (EEST).
Fakultetski zbor čine ugledna imena iz Hrvatske, Europe i SAD-a te drugih zemalja, a 2006. godine otvorena je nova učilišna zgrada u kojoj će biti smještena knjižnica i čitaonica s oko sto pedeset tisuća knjiga.
Povodom osamstote obljetnice grada Osijeka 1996. godine Fakultet prima pečat grada Osijeka za izuzetan doprinos u duhovnom i materijalnom razvoju Osijeka.